Apollon est né quelques minutes après sa sœur jumelle, Artémis. Dès sa naissance, Apollon manifesta sa puissance d'immortel ; il réclama ses attributs, la lyre et l'arc, et affirma ses pouvoirs.

À la recherche d'un lieu où fonder son oracle, Apollon s'arrêta d'abord à la source de Telphouse, près de l'Hélicon. Ne souhaitant pas partager le lieu avec quiconque, la gardienne lui suggèra d'aller plutôt à Crisa, près de Delphes. Là, Apollon établit son temple, après avoir tué le serpent femelle, la drákayna, enfant de Gaïa, qui gardait les lieux. La dépouille du serpent reçut le nom de Puthố, « la pourrissante » et Apollon pris le titre de Pythien.

Dans la guerre de Troie, Apollon se rangea aux côtés des Troyens, qui lui consacrèrent un temple sur leur acropole. Comme le firent Poséidon et Athéna pour les Achéens, il intervint aux côtés des troupes qu'il défendait pour les encourager et il prit les traits de mortels pour conseiller Hector et Énée. Il soustrait Énée aux coups de Diomède, puis intervint en personne pour repousser le guerrier grec quand il se fit trop pressant. Il sauva alors Énée en le remplaçant par un fantôme sur le champ de bataille.

Défenseur des Troyens, il eut pour principal adversaire sa demi-sœur Athéna. Non content de l'affronter sur le champ de bataille par mortels interposés, il voulut empêcher Diomède, le protégé d'Athéna, de remporter l'épreuve de course en chars lors des jeux funéraires de Patrocle ; la déesse intervint à son tour pour faire gagner son champion. Néanmoins, Apollon sut se retenir face à son oncle Poséidon et lui proposa de laisser les mortels régler eux-mêmes leurs querelles.

Apollon est un dieu vindicatif, prompt à punir ceux qui le défient. Il tua le serpent Python et, aidé de sa sœur, il élimina Tityos, qui tenta de s'en prendre à Léto. Toujours avec Artémis, il massacra de ses flèches les fils et filles de Niobé, qui osa se moquer de sa mère et fit périr les Aloades quand ceux-ci entreprirent d'escalader l'Olympe et de défier les dieux. Il écorcha vivant le satyre Marsyas, amateur de flûte, qui lui avait lancé un défi musical. Le roi Midas, qui avait préféré le son de la flûte à celui de la lyre, fut doté d'une paire d'oreilles d'âne.

Mais la confrontation ne tourne pas toujours à l'avantage du dieu. Quand Héraclès s'empara du trépied de Delphes pour faire pression sur la Pythie, Apollon accourut à la rescousse de la prêtresse. Le héros se serait enfui avec le trépied si le dieu n'avait pas appelé à l'aide son père Zeus, qui intervint en envoyant un trait de foudre.